شهر فلاورجان از چندین محله و ناحیه قدیمی و جدید تشکیل شده که برخی ریشه در بافت تاریخی شهر دارند و برخی در دوره‌های اخیر و با توسعه شهری شکل گرفته‌اند. مهم‌ترین محلات فلاورجان عبارت‌اند از:

• محله بازار (هسته قدیمی شهر، محل تجمع کسب‌وکارها و بازار سنتی)

• محله مسجد جامع (در مجاورت مسجد تاریخی جامع فلاورجان)

• محله قلعه (از بافت‌های قدیمی که در گذشته کارکرد دفاعی داشته است)

• محله بیدآباد (یکی از محلات قدیمی در سمت شرقی شهر)

• محله نو (محله‌های جدید) که با توسعه شهری در دهه‌های اخیر شکل گرفته‌اند.

• همچنین در حاشیه شهر، نواحی مسکونی جدیدی در امتداد جاده‌ها و نزدیک به زاینده‌رود به‌وجود آمده‌اند.

به جز این‌ها، فلاورجان از نظر تقسیمات کشوری در کنار محلات داخلی، با شهرهای اقماری مثل قهدریجان، پیربکران، ایمانشهر، کلیشاد و سودرجان، زازران و بهاران هم ارتباط نزدیک شهری دارد.