نام کنونی «فلاورجان» در اصل دگرگونشدهی واژهی «پلورگان» یا «پلورجون» است.
این نام به دلیل وجود پل تاریخی مهمی بر روی رودخانه زایندهرود در این منطقه به کار رفته است؛ «پل» به معنی گذرگاه، و «ورگان/ورجون» به معنای جایگاه و محل عبور. به مرور زمان و در اثر تغییرات زبانی و لهجهای، «پلورجان» به «فلاورجان» تبدیل شده است.
